法人化によるデメリットもあります。

１．設立までの申請手続きに時間がかかります

　設立認証に必要な書類作成し、提出先の所轄庁との折衝をし、事前チェツクを受け提出します。書類を受理したときから2ヶ月間書類を公衆の縦覧に供されます。さらに審査期間が約2ヶ月かかり、認証又は不認証が決定されます。認証されますと主たる事務所の法務局に設立登記をすることにより、成立します。最後に設立届出書を所轄庁の届けて活動できることになりますが、不認証となると、断念又は再度申請することになり、膨大の期間がかかってしまいます。このようなことにより、半年以上はみておいたほうがよいでしょう。ちなみに営利団体（株式会社・有限会社など）は認証書類作成より、設立まで1ヶ月ぐらいでできます。
　

２．経営状況がガラス張り

　NPO法人は事業年度末の決算が終わると毎年、事業報告書・収支計算書・財産目録・貸借対照表・役員名簿・社員名簿を管轄している都道府県庁（内閣府）に提出します。そしてこれらの書類を公衆に閲覧できるようにします。このことにより活動内容を広く市民にチェックされます。ここまで、情報を公開しているので、イメージがよいと言えるのですが、どうしても
活動を継続させると公開したくない書類というのも発生します。こうした団体にはメリットよりデメリットと言えます。

３．活動が制約を受けてしまいます

　NPO法人化により、事業内容は定款による制約を受け、事業内容を変更するには理事会にて合意を得て社員総会による決議を経て所轄庁の認証を得る必要があります。認証を受け直すことになると4ヶ月〜半年と時間がかかってしまいます。これでは、まったくスピーディーに活動ができません。

４．税務申告義務が発生する。

　法人化するということは、法人税を納める義務が発生します。ただし、収益事業をしない団体は法人税の対象とはなりません。税務申告はする必要はありませんし、税務署に届け出る必要もありません。しかし、税務署が税法上の収益事業と判断された非営利事業は、法人税の対象となる。
　また、法人住民税（約7万）はすべての法人にかかってきますが、収益事業をしない団体は免除されることがありますが、毎年四月に減免手続きの申請をしなければなりません。

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